Дизель В-46-5M имеет следующие отличия от дизеля В-46-6:

• устанавливается генератор типа Г-6,5, который крепится двумя ленточными хомутами к съемному кронштейну верхнего картера;
• привод генератора осуществляется посредством гидравлической муфты, обеспечивающей гашение крутильных колебаний, возникающих при работе деталей привода;
• слева на нижнем картере устанавливается патрубок отвода охлаждающей жидкости, направленный в сторону передачи. С правой стороны отверстие нижнего картера глушится пробкой;
• раструб водяного насоса измененной конструкции;
• угольники слива охлаждающей жидкости из головок блоков измененной конструкции.