Дизель В-46-5 имеет те же отличия от базового, что и дизель В-46-5М и дополнительно отличается следующим:

• устанавливается генератор типа Г-6,5, который крепится двумя ленточными хомутами к съемному кронштейну верхнего картера;
• выпускные трубопроводы на дизель не устанавливаются, а выходные окна головок блока закрыты защитными щитками;
• применена принудительная система вентиляции картера, для этого на маслоотделителе установлена крышка с патрубком для отвода картерных газов через воздухоочиститель;
• раструб водяного насоса развернут.