Дизель В-46-2С1 имеет следующие отличия от дизеля В-46-6:

• со стороны передачи вместо крышки центрального подвода масла установлен механизм отбора мощности;
• выпускные трубопроводы не устанавливаются, выходные окна головок блоков закрыты защитными щитками;
• смазка нагнетателя осуществляется через трубу, подсоединенную к корпусу механизма отбора мощности;
• применена система принудительного отвода газов из картера, для этого на маслоотделитель системы суфлирования установлена крышка с патрубком для отвода газов через воздухоочиститель;
• угольники слива охлаждающей жидкости из головок блоков измененной конструкции;
• на картере со стороны носка коленчатого вала имеется отверстие для установки датчика давления масла на опоре коленчатого вала;
• привод ТНВД осуществляется посредством двухпозиционной муфты, позволяющей устанавливать угол опережения подачи топлива на зимний период эксплуатации - "Зима" (при температуре окружающего воздуха -25⁰) и летний - положение "Лето".